Wiszowaty otrzymał posadę kaznodziei w zborze w Szerszniach na Ukrainie w powiecie żytomierskim, u boku ariańskiego teologa Jana Stoińskiego. Szersznie były własnością rodziny Jerzego Niemirycza, podkomorzego kijowskiego, przyjaciela Wiszowatego z okresu studiów w LejdzieB. Chlebowski, W. Walewski, F. Sulimierski Słownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich. Warszawa 1890, tom XI, s. 906. W 1643 r. Andrzej otrzymał tragiczną wiadomość o bestialskim zamordowaniu ojca we WrocimorowejPostać Stanisława Wiszowatego oraz historia jego zamordowania pojawiają się w powieści Z. Kossak Złota wolność, wyd. 1928.
Wkrótce Bracia polscy przenieśli Wiszowatego do województwa wołyńskiego. Pod jego opieką znalazły się zbory w Haliczanach, Iwanicach, Beresku i Kisielinie. Wystąpienia przeciwko arianom przybrały na sile. Kolejne zbory były burzone, co nie pozwalało Wiszowatemu osiąść nigdzie na dłużej. W 1648 roku przeniósł się do Siedlisk, aby objąć tam stanowisko kaznodziei. Po wybuchu wojen kozackich, wyjechał w okolice Gdańska. W 1648 r. osiadł na krótko w Arciszewie (dobrach Arciszewskich herbu Prawdzic), skąd przeniósł się do Straszyna — majątku arianina Pawła Iwanickiego herbu Pełnia, gdzie wygłaszał polskie kazania u boku nieznającego języka polskiego Marcina Ruara. Już wiosną 1649 r. powrócił do Siedlisk.