Nauczał kolejno w zborach w Radostowie, Rąbkowej i Lusławicach. Na wieść o napaści chłopskiego tłumu na Nowy Sącz, wymordowaniu załogi szwedzkiej i spustoszeniu ariańskich domów, Wiszowaty w pośpiechu opuścił Robków, gdzie porzucił cały majątek i bibliotekę. Osiadł chwilowo w Czarkowych należących do syna swojej stryjecznej siostry, Hieronima Moskorzewskiego.
Wkrótce znowu zmuszony był uciekać. Wraz z Jonaszem Szlichtyngiem i Stanisławem Lubienieckim schronił się pod opiekę Szwedów w Krakowie. Po poddaniu się Krakowa wojskom polskim króla Jana Kazimierza, Wiszowaty powrócił do Robkowa i majątku rodzinnego we Wrocimorowej. Tam doszła go wieść o uchwaleniu przez Sejm konstytucji o wygnaniu arian z Polski (1658). Akt parlamentu stawiał Braciom polskim do wyboru: nawrócenie lub konfiskatę majątku i wygnanie z kraju (w ciągu 3 lat). Wiszowaty podjął ostatnią próbę uratowania arian. W dniach 11–16 marca 1660 r., na zamku kasztelana wojnickiego Jana Wielopolskiego w Rożnowie odbyła się słynna publiczna dysputa teologiczna między przedstawicielami Braci polskich i duchownymi kościoła katolickiego. Spotkanie do niczego nie doprowadziło. Kasztelan pod wrażeniem intelektu Wiszowatego zaproponował mu, aby pozostał w kraju, który potrzebuje ludzi uczonych. W zamian za przejście na religię katolicką zaoferował teologowi wieś Gródek.