W 1934 została sformowana kompania saperów typu II dla Brygady KOP „Wilno”, jako jej organiczny pododdział.
Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Jej wynikiem było między innymi ustalenie nazwy kompanii na „kompania saperów KOP «Wilejka»”. Brygada KOP „Wilno” została zlikwidowana, a kompania saperów weszła w skład pułku KOP „Wilejka”. Jednostką administracyjną dla kompanii był pułk KOP „Wilejka”.
Działania kompanii w 1939 23 marca 1939 dla kompanii zarządzona została mobilizacja alarmowa. Po zakończeniu mobilizacji kompania, pod dowództwem kpt. Teodora Engla, przetransportowana została w rejon działania Armii „Modlin”. W okresie od kwietnia do sierpnia 1939 pododdział prowadził inżynieryjną rozbudowę przedmościa w Pułtusku. Wespół z żołnierzami 13 pułku piechoty wytyczane były, a następnie budowane linie okopów, lokalizowane bunkry i schrony obserwacyjne dla artylerii oraz stanowiska ciężkich karabinów maszynowych.