W czasie kampanii wrześniowej kompania walczyła w składzie załogi Przedmościa „Pułtusk” pod dowództwem mjr. Jana Kazimierza Mazura. Do dnia 6 września 1939 załoga pozostawała bez styczności z nieprzyjacielem. Walki o przedmoście trwały w dniach 6 i 7 września. Zakończyły się wycofaniem na wschodni brzeg Narwi i zniszczeniem mostu, a następnie odwrotem w kierunku Wyszkowa. Późnym wieczorem 8 września kompania przystąpiła do naprawy uszkodzonego mostu na Wiśle w Świdrach Małych (obecnie w granicach miasta Józefów). Następnie kompania walczyła w obronie Warszawy stanowiąc trzon grupy saperów Odcinka „Warszawa-Zachód”.
Struktura organizacyjna kompanii Struktura kompanii pionierów w 1931 dowódca kompanii oficer młodszy sierżant -szef podoficer gospodarczy podoficer sprzętowy podoficer broni i gazowy podoficer sanitarny woźnice – 7 kucharze – 2 szewc krawiec ordynansi – 2 I, II i III pluton, każdy w składzie: dowódca plutonu dwie drużyny pionierów Razem kompania liczyła: 2 oficerów, 22 podoficerów i 73 szeregowych. Posiadała etatowo 15 koni, 6 wozów dwukonnych, jedną kuchnie polową. Na uzbrojeniu posiadał 17 karabinów z bagnetem, ?