thumb|Posąg Filipa w bazylice Santa Maria MaggioreNajwiększą klęską za panowania Filipa IV była utrata Portugalii. W 1640 r. w Lizbonie wybuchło powstanie, które obaliło władzę Habsburgów i oddało portugalską koronę księciu de Braganza jako Janowi IV. Rozpoczęło to blisko 30-letnią wojnę w wyniku której Hiszpania musiała w końcu uznać niepodległość Królestwa Portugalii (pokój podpisano 3 lata po śmierci Filipa IV). W latach 1641–1644 doszło do kilku kampanii, w których Portugalczycy skutecznie bronili niezależności swojego kraju. Wkrótce od obu stron zażądano dyplomatycznego rozwiązania konfliktu. Francja naciskała na Hiszpanię o uznanie niepodległości Portugalii. W celu zapobiegnięcia ponownemu podporządkowaniu Habsburgom Portugalia podpisała układy z Anglią, Francją i Szwecją. Hiszpanie wznowili działania wojenne w roku 1657. Szybko wypędzili siły przeciwnika z Olivenzy po czym odparli portugalską ofensywę pod Badajoz. Gdy w roku 1662 siły hiszpańskie pod wodzą Don Juana d’Austria Młodszego pokonały Portugalczyków dowodzonych przez księcia Frédérica-Armand de von Schomberga, losy odrodzonego państwa portugalskiego wydawała się być przesądzona. Losy wojny odwróciły się jednak po zwycięstwach Portugalczyków pod Ameixial (1663), Castelo Rodrigo (1664) i Montes Claros (1665).