Wpływ filozofii Arystotelesowskiej i własny zmysł rzeczywistości sprawiły, że Damascjusz, jakkolwiek wyznawał teologiczną metafizykę Jamblicha i Proklosa i komentował wyrocznie chaldejskie, uznawał przeprowadzone przez jego poprzedników wyprowadzenie wielości z jedności, a świata z Boga za niewyjaśnialne. Uznawał także pojęciowe określenie Istoty Najwyższej za niemożliwe. Damascjusz mówi o Izydorze, że nie chciał czcić obrazów i wolał zwrócić się bezpośrednio do bogów, którzy znajdują się - nie w świątyni, ale w ukrytych głębiach niewiedzy. Być może pod jego wpływem, nauczył się podkreślać transcendencję i niewyrażalność Jedynego, tak widoczną w Dubitationes et solutiones, gdzie mówi na przykład, że Absolut jest bardziej niepojęty niż wszelka cisza.
Damascjusz pozwala sobie na wątpliwości, co do możliwości osiągnięcia przez człowieka poznania prawdy absolutnej, gdyż ta jest dostępna tylko bogom. I chociaż zachowuje system Proklosa, próbuje dodawać nowe hipostazy: na dole systemu bogów materialnych, którzy wytwarzają materię jako taką, a na jego szczycie Absolut, będący ponad Jednym, po nim Jedno-Wszystko (έν-πάντα), następnie Wszystko-Jedno (πάντα-έν). Hipostazy te wprowadził, próbując lepiej wyjaśnić wyprowadzenie wielości z Jednego.