Najstarszym uniwersytetem w Egipcie jest sunnicki Al-Azhar. Uniwersytet poddano modernizacji w 1961 roku. Zgodnie z tradycją rektor uniwersytetu Al-Azhar jest jednocześnie największym w Egipcie autorytetem w zakresie teologii. Uniwersytet Kairski został założony w 1908 roku. W 1932 roku w mieście założono Akademię Muzyki Arabskiej. W 1950 roku powstał zaś Uniwersytet Ajn Szams.
W mieście działają liczne instytuty naukowo-badawcze i muzea. W 1798 roku Napoleon Bonaparte założył w Kairze Instytut Egipski. Instytut ten został odnowiony w 1859 roku przez Muhammada Alego. Narodowy Ośrodek Badań Naukowych został założony w 1939 roku. Na wyspie Az-Zamalik znajduje się .
W X wieku przy uniwersytecie Al-Azhar założono pierwszą bibliotekę w Kairze. Biblioteka Al-Azhar została w 1987 roku odnowiona i uchodzi za drugą co do wielkości bibliotekę w Egipcie. W XI wieku w Kairze utworzono Dar al-Ilm (Dom Wiedzy), bibliotekę dostępną dla wszystkich mieszkańców, liczącą kilkaset tysięcy tomów. Najważniejszą biblioteką w Kairze jest Biblioteka Narodowa, założona w 1876 roku.
W 1821 roku w dzielnicy Bulak utworzono pierwszą egipską drukarnię narodową.