Pod koniec XIX w. wszystkie te poglądy obalono prowadząc badania archeologiczne i ustalając, że skalne miasta powstały w średniowieczu, przy okazji stwierdzając, że poszczególne zespoły skalnych grot pełniły różne funkcje. Wielu badaczy (np. J.A. Kułakowski) doszło wówczas do wniosku, że twórcami przynajmniej części tych zespołów byli mnisi i inne osoby zbiegłe przed prześladowaniami w czasie pierwszej (726–787 r. n.e.) lub drugiej (813–843 r. n.e.) fazy ikonoklazmu.
Współcześnie potwierdzono średniowieczny i wielofunkcyjny charakter skalnych miast, ale ustalono, że kompleksy klasztorne nie są związane z uchodźcami religijnymi czasów ikonoklazmu, gdyż powstały one najwcześniej w XI–XIII w., a część nawet później, w czasach księstwa Teodoro. W dodatku wielkość wielu kompleksów usytuowanych w pobliżu dużych ośrodków władzy wskazuje na mecenat władz. Dlatego sądzi się, że były to zespoły klasztorne powstałe za zgodą władz świeckich i kościelnych, czasami fundowane przez miejscowych książąt. Natomiast skalne miasta o charakterze twierdz lub właściwych miast zaczęły powstawać znacznie wcześniej niż zespoły klasztorne - w drugiej połowie VI w.