Pod koniec X w. centrum władzy przesunęło się z centralnej Jawy na wschodnią. Tam również dobrze prosperujące rolnictwo uczyniło wyspę bogatą, zapewniając potęgę kolejnym królestwom Kediru, Singasari i wreszcie Majapahit, założonym pod koniec XIII wieku. Za panowania Hajama Wuruka (panował w latach 1350/1351–1389) oraz Gajah Mady wpływy Majapahit rozciągały się na znaczną część dzisiejszej Indonezji.

Królestwa muzułmańskie mały|lewo|Wielki Meczet w Demaku Muzułmańscy kupcy z Persji, Indii i Chin przybywali do portów archipelagu indonezyjskiego. Niewątpliwie w XIII wieku książęta Północnej Sumatry przeszli na islam, pragnąc zintegrować się z tą siecią handlową. Majapahit handlował z indyjskimi królestwami muzułmańskimi, takimi jak Gaur. Inne części archipelagu stopniowo przyjęły islam i pod koniec XVI wieku stał się dominującą religią na Jawie i Sumatrze. Islam mieszał się z istniejącymi wpływami kulturowymi i religijnymi, które ukształtowały dominującą formę islamu w Indonezji. Muzułmańskie grobowce z XIV wieku, znajdujące się na cmentarzu w Trowulan i noszące symbol hindusko-buddyjskiego królestwa Majapahit sugerują, że ważne postacie królestwa, prawdopodobnie członkowie rodziny królewskiej przechodzili na islam. Rozwój handlu w obrębie samego archipelagu skutkuje rozprzestrzenianiem się islamu.