W XV i XVI wieku powstały muzułmańskie państwa przybrzeżne, z których najbogatszym był sułtanat Malakka na Półwyspie Malajskim, który stał się największym portem w Azji Południowo-Wschodniej. Na Jawie księstwa północnego wybrzeża, niektóre założone przez chińskich muzułmanów, stopniowo uwalniały się od swoich hindusko-buddyjskich władców Majapahit. Najpotężniejszym z nich było Demak.
Pod koniec XVI wieku nowe mocarstwo środkowej Jawy, królestwo Mataram, podjęło się podboju tych muzułmańskich miast portowych. Zmusiło je do zniszczenia ich flot i zakazało handlu morskiego. Królestwo to ogłosiło się spadkobiercą Majapahit. Pod rządami Mataram rozkwita kultura dworska, której odniesienia są nadal wzorami reprezentowanymi przez wielkie indyjskie eposy Mahabharaty i Ramajany. We wschodniej części Jawy księstwo Blambangan wymyka się spod kontroli Mataram i zostaje wasalem Bali. Książęta Blambangan, Hindusi, zostaną zmuszeni w 1770 r. przez Holendrów do przejścia na islam, pragnących usunąć wschodnią Jawę spod balijskich wpływów. W XVII wieku na północnej Sumatrze, za panowania Iskandara Mudy, sułtanat Acehu podjął się podboju nadmorskich regionów wyspy, zarówno od wschodu nad Cieśniną Malakka, jak i od strony zachodniej nad Oceanem Indyjskim.