Na wschodzie archipelagu, pod panowaniem sułtana Hasanuddina, Sułtanat Gowa, którego władcy przeszli na islam w 1605 r., podporządkowuje jedno po drugim księstwa na południowym Celebes.
Upadek królestw indonezyjskich i wzrost potęgi Holandii
mały|lewo|Batawia, Holenderskie Indie Wschodnie (1661) Pierwsi Europejczycy przybyli na archipelag w 1512 r., kiedy portugalscy kupcy, na czele z Francisco Serrão, próbowali zmonopolizować źródła gałki muszkatołowej, goździku i pieprzu na Malukach. Podpisują w porcie Sunda Kelapa traktat pokojowy z sundajskim królestwem Pajajaran. Opierając się na swojej bazie w Malace, zawarli sojusze z książętami Moluków i założyli punkty handlowe, forty i misje na Molukach, głównie na Ambon, Ternate i Wyspach Solor.
W 1596 roku holenderski odkrywca Cornelis de Houtman przybył z flotyllą na Sumatrę i Banten. W 1602 r. Holenderski parlament nadał Holenderskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej (VOC) monopol na działalność handlową i kolonialną w Indonezji. Od 1605 r. Holendrzy wypędzili Portugalczyków z Ambon, północnych Moluków i wysp Banda. Portugalczycy nadal osiedlali się w Timorze Wschodnim. W 1619 roku VOC podbiło miasto Dżakartę na zachodzie Jawy, gdzie założyło miasto Batawia (obecnie Dżakarta). Firma przejęła kontrolę nad jawajską polityką i walczyła z Sułtanatem Mataram i Sułtanatem Banten.