Z powodu niedopuszczenia do głosu polskojęzycznych absolwentów, równolegle zorganizowano obchody w Bazarze, w trakcie których uczestnicy wysłuchali przemówienia wychowanka szkoły, Karola Libelta.
Przejęcie szkoły przez polską administrację nastąpiło w 1919 r., a jej rektorem został dotychczasowy prefekt, ks. Julian JanickiZ. Boras, op. cit., s. 121.. W 1929 r. Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego zezwoliło na rekwizycję wszystkich starych druków i rękopisów biblioteki gimnazjalnej (od XV do XVIII wieku i niektórych druków z lat 1800–1830) przez nowo powstały Uniwersytet PoznańskiS. Kubiak, „Biblioteka Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, 1919–1966”, Poznań 1967, s. 74.. W 1929 r. na etacie woźnego prowizorycznego zatrudniony został Władysław Filipiak, powstaniec wielkopolski i bohater wojny z bolszewikami, odznaczony Orderem Virtuti Militari. 22 kwietnia 1939 prezydent Ignacy Mościcki nadał Państwowemu Liceum i Gimnazjum Św. Marii Magdaleny Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski „za wybitne zasługi na polu wielowiekowej pracy wychowawczej dla wielu pokoleń”.. Nadanie orderu połączono z odsłonięciem w kościele św. Franciszka tablicy pamięci wychowanków szkoły poległych w wojnie polsko-bolszewickiej.