Po II wojnie światowej grono pedagogiczne oraz uczniowie mieli opinię przeciwników nowych władz. Po rzekomym zabójstwie politycznym dokonanym 23 stycznia 1947 przez uczniów na koledze, w 1950 r. szkoła została zamknięta. W ciągu tygodnia oskarżonych skazano na karę śmierci. W 1997 r. zostali zrehabilitowani. W latach 1948–1979 w budynku szkoły przy placu Bernardyńskim działało VII Liceum Ogólnokształcące im. Dąbrówki.
Współczesność Od 1958 r. o szkołę walczył Związek byłych uczniów Gimnazjum Św. Marii Magdaleny (dziś Stowarzyszenie Absolwentów Gimnazjum i Liceum św. Marii Magdaleny). Z prywatnych pieniędzy wyremontowano budynki. Placówka, jako Liceum Ogólnokształcące św. Marii Magdaleny, została reaktywowana 1 września 1990. Nawiązując do średniowiecznych tradycji szkoła utworzyła Bractwo św. Tomasza z Akwinu (dziś już nieistniejące), którego członkami byli uczniowie. Jego celem było propagowanie samoulepszania, dyskusja o edukacji i współczesności. Przewodniczył mu ówczesny wicedyrektor Jerzy Sokół.