Po spełnieniu warunków traktatu koszyckiego, magnat Stefan Zápolya ugościł go w zamku spiskim i odesłał do granicy polskiej. Mimo wszystko Władysław pozostawił Olbrachtowi Głogów, który ten utrzymał do roku 1498, gdy przekazał księstwo bratu, Zygmuntowi.
Wybór na króla Polski Kazimierz Jagiellończyk jeszcze przed swoją śmiercią zalecił elekcję Olbrachta na króla Polski. Polska, w przeciwieństwie do Litwy, nie była monarchią dziedziczną Jagiellonów, więc Kazimierz nie mógł wyznaczyć swojego następcy w Polsce. Po śmierci Jagiellończyka 7 czerwca 1492 roku, zorganizowano sejm elekcyjny w Piotrkowie. O koronę po ojcu starali się także bracia Jana, Władysław i Zygmunt oraz książę mazowiecki Janusz II. Kandydaturę Jana Olbrachta wsparli jego bracia – Fryderyk i Aleksander oraz królowa matka. Dodatkowo otrzymał wsparcie od miast i ziemiaństwa. W opozycji do kandydatury stanęli m.in. arcybiskup gnieźnieński Zbigniew Oleśnicki oraz marszałek Królestwa Polskiego Rafał Jarosławski. Główny kontrkandydat Olbrachta, Władysław II Jagiellończyk, nie rozpoczął aktywniejszych starań o koronę polską. Ostatecznie 27 sierpnia Jan Olbracht został wybrany królem Polski. Głosowanie było imienne, a wynik niemal jednogłośny na jego korzyść.