Dodano także 12 pojedynczych działek, z których część była przenośna – na pokładzie startowym znajdowały się miejsca ich mocowania. Po bitwie na Morzu Filipińskim w czerwcu 1944 roku uzbrojenie przeciwlotnicze „Jun'yō” wzmocniono następnymi trzema potrójnymi działkami, dwoma podwójnymi i 18 pojedynczymi kal. 25 mm Typ 96, oraz sześcioma wyrzutniami rakiet o pojemności 28 pocisków każdaLengerer & Rehm-Takahara, s. 193.. Rakiety te, kal. 120 mm, ważyły 22,5 kg, a maksymalna prędkość wylotowa wynosiła 200 m/s. Ich maksymalny zasięg wynosił 4800 mCampbell, s. 216.. W październiku 1944 roku „Jun'yō” posiadał 91 działek kal. 25 mm, w tym 57 na 19 stanowiskach potrójnych, cztery na podwójnych i 30 pojedynczych.
Dwa systemy kontroli ognia przeciwlotniczego Typ 94, jeden po każdej stronie okrętu, służyły do naprowadzania dział Typ 89. Każdy system posiadał dalmierz o bazie 4,5 m. Kiedy „Jun'yō” wszedł do służby, zainstalowane były tylko dalmierze, zaś systemy kontroli ognia dodano później. Cztery systemy kontroli ognia Typ 95 obsługiwały działka 25 mm, a kolejna para została dodana na początku 1943 roku. Wczesne ostrzeganie przed nadciągającym atakiem powietrznym zapewniały dwa radary powietrzne Typ 2, Mark 2, Model 1.