thumb|upright|lewo|Diego thumb|upright|lewo|Torsten Frings Sezon 2007/2008 zespół zakończył na drugim miejscu. W ósmej kolejce osiągnął historyczne zwycięstwo nad Arminią Bielefeld pokonując ją 8:1. W sezonie 2008/2009 kadra nie uległa wielkim zmianom. Zespół opuścił jednak Tim Borowski na rzecz Bayernu Monachium, a Claudio Pizarro został wypożyczony do Chelsea F.C. Sezon Bundesligi Werder zakończył na 10 miejscu, co było osiągnięciem dużo poniżej ich możliwości. Udało im się jednak po raz 6 zdobyć DFB Pokal po wygranej w finale z Bayerem Leverkusen. Dotarli też do finału Pucharu UEFA, gdzie ostatecznie przegrali z Szachtarem Donieck 1:2. W sezonie 2009/2010 karierę zakończył kapitan Werderu Frank Baumann, a Diego odszedł z Bremy na rzecz Juventusu Turyn. Opaskę po Baumannie odziedziczył Torsten Frings, a na miejsce Diego do Werderu został sprowadzony Marko Marin. Do zespołu powrócili Tim Borowski i Claudio Pizarro. Te liczne zmiany wyszły jednak Werderowi na dobre, bowiem zajął 3. miejsce w Bundeslidze, co dawało im szanse na grze w LM. Bremeńczycy powtórzyli także wyczyn sprzed roku i ponownie zagrali w finale DFB Pokal ostatecznie przegrywając jednak z Bayernem Monachium. W letnim okienku transferowym zespół zasiliło czterech nowych graczy: Marko Arnautović, Felix Kroos, Brazylijczyk Wesley oraz Francuz Mikael Silvestre.