Melanchton odrzucił jednak artykuły Flaciusa.
W 1557 roku Flacius został profesorem Nowego Testamentu i superintendentem w Jenie, która wówczas stanowiła ostoję gnezjoluteranizmu. Krótko po jego przybyciu w Wormacji odbyły się rozmowy religijne ewangelików z katolikami, które zakończyły się niepowodzeniem głównie z powodu rozłamów w samym obozie ewangelickim – do czego w niemałym stopniu przyczynił się Flacius, którego postawa spotkała się z powszechną krytyką. Tzw. dokument frankfurcki, przedstawiony przez książąt w 1558 roku, był próbą pojednania udaną w nie większym stopniu, niż poprzednie. Flacius zaproponował wówczas synod i pięćdziesięciu poważanych teologów podpisało Supplicatio pro libera, christiana et legitima synodo, co synodu jednak nie doszło. Rezultatu nie przyniosło także spotkanie w Naumburgu w 1561 roku.