Wtedy to wybuchł kolejny spór, zwany sporem synergistycznym. Victorinus Strigel i superintendent Hügel skrytykowali naukę Flaciusa o wolnej woli, uważając, że przyzwalająca wola człowieka funkcjonuje jako element nawrócenia i w człowieku tkwi przyczyna jego zbawienia lub potępienia. Książę Jan Fryderyk natychmiast ich uwięził. W 1560 roku doszło do spotkania w Weimarze, na którym książę potwierdził prawowierność nauki Flaciusa. Jan Fryderyk, znużony sporami teologicznymi, ustanowił konsystorz i wyposażył go w prawo do ekskomuniki oraz cenzury pism teologicznych. Flacius zaprotestował przeciwko temu i sam został uwięziony.
Ostatnie lata W 1562 roku Flacius opuścił Jenę z ideą założenia luterańskiej uczelni w Ratyzbonie. Stamtąd protestował przeciwko synergistom, kryptokalwinistom, władzom świeckim ingerującym w sprawy Kościoła i wielu innym przeciwnikom. Wzbudziło to nienawiść wielu przeciwników i jego osoba stała się zagrożona. Szczególnie zaciekłym przeciwnikiem był elektor saski August Wettyn, przed którym rada miejska Ratyzbony nie mogła Flaciusa uchronić. W 1566 roku Flacius udał się do Antwerpii, gdzie w owym czasie luteranie byli traktowani przez księcia Wilhelma Orańskiego tak samo jak kalwiniści, bowiem tamtejszy zbór potrzebował pomocy doświadczonego teologa.