Rok później musiał jednak uchodzić przed postępami armii hiszpańskiej. Udał się do Frankfurtu nad Menem, a później do Strasburga, jednak także tam dosięgła go nienawiść elektora Augusta. Flacius zbiegł do Bazylei, jednak nie pozwolono mu tam pozostać, więc powrócił do Strasburga, gdzie pomimo nacisków elektora był tolerowany. Popadł jednak w konflikt z tamtejszym duchowieństwem ze względu na swój sprzeciw wobec prób pojednania podjętych przez Jakoba Andreä oraz swoją naukę o grzechu pierworodnym (patrz niżej); oskarżano go nawet o manicheizm. W 1573 roku rada miejska skazała go na wygnanie. Flacius ponownie udał się do Franfurtu nad Menem, gdzie schronienia udzieliła mu przełożona klasztoru Białych Pań (Weißfrauenkloster). Rada miejska nie udzieliła zgody na pozostanie w mieście, jednak nakaz jego opuszczenia udało się odwlec aż do śmierci Flaciusa.