Ponieważ oddziały regularne były w stanie bronić jedynie większych miejscowości, chłopów organizowano w oddziały, zwane tuan, w oparciu o wcześniej istniejący system baojia; każdy tuan wznosił (lub odbudowywał wcześniej istniejący) niewielki fort w naturalnie obronnej okolicy i tam gromadził zapasy i dobra atrakcyjne dla rebeliantów. Z rozproszonych domów, chłopów przenoszono na koszt rządu, do ufortyfikowanych wsi; we wsiach takich tworzono, pod ścisłym nadzorem urzędników, oddziały samoobrony, szkolone przez zawodowych żołnierzy. By zachować defensywny charakter takich milicji, nie więcej niż połowa oddziału mogła brać udział w ekspedycjach na pomoc sąsiednim, zaatakowanym wsiom. Fortów i umocnionych wsi, oprócz członków milicji, broniły lokalnie wynajmowane oddziały najemne – jako trudne do kontroli, były jednak przez rząd traktowane podejrzliwie.
Dziesięcioletnie powstanie pochłonęło co najmniej 100 tys. ofiar.