We wrześniu 2003 Bueno podpisał umowę z ekipą Club Atlas z siedzibą w Guadalajarze. Podczas pracy w tym zespole osiągnął sukces w postaci dwukrotnego awansu do ligowej fazy play-off (dotarł w niej ze swoim klubem najpierw do ćwierćfinału, a w kolejnym sezonie do półfinału), lecz posadę szkoleniowca Atlasu stracił ostatecznie w kwietniu 2005 po tym, jak w ostatnich szesnastu spotkaniach zdołał zanotować tylko jedno zwycięstwo. We wrześniu 2005 został następcą José Guadalupe Cruza w roli trenera stołecznego klubu Atlante FC, którego barwy reprezentował już jako piłkarz. Na stanowisku tym pozostał jednak zaledwie do końca roku, nie potrafiąc odmienić słabej gry zespołu. Na początku 2006 roku przeniósł się do zespołu Monarcas Morelia, lecz zarząd klubu zdecydował się go zwolnić już po czterech ligowych spotkaniach, w których jego drużynie nie udało się ani razu pokonać przeciwnika.