W maju 2011 Bueno został szkoleniowcem klubu Puebla FC, w którym występował już podczas swojej kariery zawodniczej. Prowadził go z przeciętnymi wynikami do końca roku, po czym został zwolniony przez zarząd zespołu. W lutym 2012 został następcą René Isidoro Garcíi na stanowisku trenera ekipy San Luis FC z siedzibą w mieście San Luis Potosí, jednak drużynę tę opuścił już po niecałych trzech miesiącach, wygrywając tylko jeden z dziewięciu ligowych meczów. We wrześniu 2012 objął walczący o utrzymanie w najwyższej klasie rozgrywkowej zespół Querétaro FC, lecz podczas swojego półrocznego pobytu w tym klubie jego podopieczni zdołali zwyciężyć tylko w dwóch z piętnastu meczach w lidze i na koniec rozgrywek 2012/2013, prowadzeni już przez Ignacio Ambríza, spadli do drugiej ligi (ostatecznie pozostali w niej po zakupieniu licencji zespołu Jaguares de Chiapas).