omawiając zagadnienie oczyszczenia woli, Święty zapowiedział na początku omówienie czterech klasycznych uczuć: radości, nadziei, smutku i lęku (por. ks. III 16, 2-3). Następnie, omawiając radość wyliczył jej sześć rodzajów, a jeden z tych rodzajów podzielił jeszcze na cztery (por. ks.III 35, 1). Dzieło ma charakter niedokończony. Księga trzecia została przerwana w połowie 45 rozdziału. Ostatnie zdanie pozostało nieskończone.
Doktryna św. Jana jest owocem jego doświadczenia miłości Boga, którą próbował wyrazić w poezji i opisać w komentarzu teologicznym. Autor uczy zasad czynnego oczyszczenia wyobraźni i rozumu. Pokazuje, w jaki sposób człowiek idący drogą wiary zostaje oswobodzony od mechanizmu wielorakości władz duszy. Doznaje scalenia i prostoty życia, urzeczywistniającego się w poznaniu, pamiętaniu i miłości. Następnie, przez noc ducha, doświadcza przemienienia całej swej osobowości. Doktor Karmelu daje też wskazówki do odpowiedniego rozeznania i ustosunkowania się do darów nadprzyrodzonych. Trzecia księga kontynuuje temat czynnej nocy ducha koncentrując się na oczyszczeniu pamięci i woli oraz na opisie sześciu rodzajów dóbr do jakich może zwracać się ludzka wola.