Różne gatunki izoetydów mają odmienne w szczegółach preferencje środowiskowe, co sprawia, że niekiedy tworzą pasy fitolitoralu. W strefie silnego falowania przeważa brzeżyca jednokwiatowa, niżej, na podłożu organicznym – lobelia jeziorna, a jeszcze głębiej, na podłożu organicznym – poryblin jeziorny. Niektóre izoetydy (choć nie przez wszystkich zaliczane do tej grupy) żyją na pograniczu wody i lądu. Izoetydy mimo drobnych rozmiarów ciała mogą wypuszczać pędy kwiatowe tak, aby zakwitły nad powierzchnią wody.
Nierzadko dużą część ciała izoetydów wypełniają przestrzenie gazowe. Inaczej niż u większości roślin wodnych, których chloroplasty rozmieszczone są głównie w epidermie, u izoetydów znajdują się one głównie pobliżu tych przestrzeni. Wiąże się to z drogą pobierania CO2, który u izoetydów dostaje się do wnętrza ciała w dużej mierze z osadu przez korzenie, skąd jest rozprowadzany dalej, a nie z wody przez skórkę, która jest nietypowo jak na rośliny wodne nieprzepuszczalna. U części izoetydów występuje pewna postać fotosyntezy typu CAM. U nasiennych izoetydów może wystąpić mykoryza, która zwiększa efektywność pozyskiwana fosforu, będącego w typowych siedliskach izoetydów w bardzo niskich stężeniach, uniemożliwiających bytowanie większości roślin.