Było to spowodowane głównie tym, że musiała szukać poparcia u lordów – nie miała bowiem własnego wojska. Przyłączyła się nawet do zniszczenia katolickiego lorda Huntleya w 1562.
W 1561 zaprosiła Elżbietę I do odwiedzenia jej w Szkocji, ta jednak z zaproszenia nie skorzystała. Odmowa spowodowała popsucie stosunków pomiędzy ambitnymi, młodymi władczyniami. Maria wysłała jednak do Anglii swojego ambasadora, Williama Maitlanda z Lethington, który przebywał na dworze królewskim i miał jej zapewnić widoki na objęcie tamtejszego tronu.
W grudniu 1561 szykowano spotkanie pomiędzy królowymi, tym razem w Anglii, ale Elżbieta znowu zmieniła zdanie. W 1563 Elżbieta podjęła próbę zneutralizowania Marii, proponując jej małżeństwo z Robertem Dudleyem, 1. hrabią Leicester, myśląc przy tym, że będzie mogła go łatwo kontrolować. Maria jednak odrzuciła tak uwłaczającą propozycję. Do skutku natomiast doszło małżeństwo z Henrykiem Stuartem, lordem Darnley, potomkiem króla Henryka VII, które zostało zawarte 29 lipca 1565 w pałacu Holyrood. Ślub z czołowym przedstawicielem frakcji katolickiej wywołał otwartą rebelię protestantów, do których przyłączył się też brat Marii, lord Moray. On i inni buntowniczy lordowie zostali pokonani przez wojska Marii, które sama poprowadziła.