H. Kamen: Inkwizycja Hiszpańska. W-wa 2005, s. 264-265.

thumb|200px|Skazany na stos przez trybunał w Goa. Ilustracja Jacques’a Grasset de Saint-Sauveur (koniec XVIII w.)

W latach 1539–1579 na czele portugalskiej inkwizycji stał kardynał Henryk Aviz, wywodzący się z dynastii panującej. W 1578, na skutek przedwczesnej śmierci innych męskich przedstawicieli dynastii, wstąpił na tron królewski jako król Henryk I Kardynał (1578–1580). Po jego śmierci w 1580 Portugalia została połączona unią personalną z Hiszpanią na okres 60 lat (1580–1640), jednak nie zachwiało to w żaden sposób niezależnością portugalskiej inkwizycji.

Żydowscy konwertyci pozostawali głównym celem inkwizycji portugalskiej przez niemal cały okres jej istnienia. Natężenie tych represji było jednak różne. Ponieważ bankierzy żydowskiego pochodzenia odgrywali ważną rolę w gospodarce kraju, od czasu do czasu udawało im się wyjednać dekrety amnestyjne (np. w 1604)Henry Charles Lea: History of the Inquisition of Spain. vol. III, Londyn 1907, s. 266-270;