Tomasza, gdy właściciel klucza łabiszyńskiego, wojewoda kaliski i starosta inowrocławski Jan Opaliński sprowadził tu reformatów.
Podczas potopu szwedzkiego, przez miasto dwukrotnie przeszły wojska szwedzkie, właścicielem miasta był wówczas Krzysztof Gembicki. W 1678 roku kasztelan Paweł Gembicki potwierdził prawa miejskie dla Łabiszyna. W XVII i XVIII wieku miasto niszczyły pożary (m.in. w 1687, 1720 i 1761 roku). W 1763 roku miasto kupił Franciszek Skórzewski, sprowadził on osadników z Niemiec, dla których utworzono tzw. Nowe Miasto na lewym brzegu Noteci. Po I rozbiorze Polski miasto znalazło się w granicach Prus.
W dniu 30 września 1794 roku, w czasie powstania kościuszkowskiego, pod Łabiszynem wojska generała Henryka Dąbrowskiego pokonały wojska pruskie.
W lipcu 1863 roku w Łabiszynie został pochowany Kazimierz Mielęcki, po jego pogrzebie ok. 10 tys. osób wzięło udział w manifestacji patriotycznej.
Na początku XX w. powstała w mieście ciśnieniowa wieża wodna, zbudowana dla potrzeb nigdy niewybudowanej linii kolejowej. Wieżę rozebrano w 1962 rokuZbigniew Zwierzykowski, Łabiszyn na dawnych pocztówkach, 2015, Wydawnictwo Dominika Księskiego Wulkan, .