Najdotkliwsza w skutkach okazała się wojna trzydziestoletnia (1618–1648). Miasto ponosiło olbrzymie obciążenia z powodu stacjonowania wojsk cesarskich od 1627 r., było niszczone i z czasem wyludniło się (w 1628 r. pozostało tylko 40 mieszkańców). 23 stycznia 1631 r. król szwedzki Gustaw Adolf podpisał tutaj układ z delegacją francuską. Kolejne najazdy wojsk cesarskich w 1633, 1635 i 1636 r. doprowadziły miasto do ruiny. Proces depopulacji został zahamowany dopiero po 1680 r., a poprawę stanu gospodarczego przynosiły rządy króla Fryderyka Wilhelma I (1713–1740).
Powtórne zahamowanie życia gospodarczego przyniosła wojna siedmioletnia (1756–1763), po której nastąpił ponowny rozwój i industrializacja kraju, kontynuowane również w 1. poł. XIX w. W Mieszkowicach utrzymywała się w zasadzie równowaga między rolnictwem a rzemiosłem. W 1782 r. było tutaj 82 rolników uprawiających m.in. pszenicę i tytoń, ok. 1800 r. zaś 138 rzemieślników, z których poważną część stanowili piwowarzy. Z czasem miasto zaczęło ulegać szybkiej agraryzacji. Posiadłości ziemskie miasta w połowie XIX w. wynosiły 18 553 morgi, w tym 10 118 morgów gruntów uprawnych oraz 4842 morgów lasów. W 1807 przeszły tędy wojska napoleońskie, w skład których znajdował się oddział wojsk polskich.
Okres późnonowożytny