14 sierpnia 1319 r. zmarł w Mieszkowicach na febrę margrabia Waldemar, który przybył tutaj na spotkanie z biskupem Henrykiem z Havelbergu w sprawie podpisania darowizny na rzecz kościoła w Havelbergu oraz klasztoru Chorin. Po wygaśnięciu dynastii Askańczyków wzmogły się zamieszki w Nowej Marchii, w wyniku czego 22 miasta, w tym Mieszkowice, zawiązały konfederację zaczepno-obronną 24 kwietnia 1320 r., trwającą do 1348 r., kiedy to całą Marchię Brandenburską ogarnęła wojna po wystąpieniu tzw. Fałszywego Waldemara. O randze miasta w tym okresie świadczy fakt, iż w 1323 r. było ono miejscem pertraktacji pomorsko-saksońskich w sprawie ustalania granic. Ziemie te przeszły wówczas pod władzę księcia pomorskiego, po 1328 r. powróciły rządy margrabiów brandenburskich z dynastii Wittelsbachów. Miasto podlegało bezpośrednio władcy, czego wyrazem było m.in. przyrzeczenie złożone 15 lipca 1348 r. margrabiemu Ludwikowi, że nie będzie ono zawierać żadnych związków przeciwko jego woli. Od 1353 r. przez pewien czas działała w mieście mennica nowomarchijska.