Po wybuchu powstania kościuszkowskiego został wysłany przez Jasińskiego do Warszawy, gdzie podburzał ludność do samosądów na targowiczanach, i 11 sierpnia 1794 otrzymał nominację na podpułkownika armii Wielkiego Księstwa Litewskiego. Równocześnie przekazywał tajne informacje o przebiegu insurekcji Rosjanom. Po stłumieniu insurekcji nie spotkały go represje, a Rosjanie osadzili go jako jeńca wojennego w posiadłości Adama Wawrzyńca Rzewuskiego w Pohrebyszczach. Następnie otrzymał misję inwigilacji polskiego środowiska emigracyjnego na Wołoszczyźnie, które pod wodzą brygadiera Joachima Deniski przygotowywało kolejne powstanie, tzw. insurekcję Deniski. Zamierzenia powstańcze się nie powiodły, głównie dzięki działaniom Chodźkiewicza, który informacje o planach emigracji przekazał do Petersburga, a wojska austriackie stłumiły w zarodku wystąpienie Deniski.
W 1797 Chodźkiewicz został wysłany z tajną misją do Stambułu, by śledzić tamtejsze ośrodki emigracji polskiej. Misja nie okazała się zbyt owocna, a on w tym samym roku zjawił się we Francji, gdzie uczestniczył w tłumieniu powstania w Wandei jako oficer ochotniczej legii północnej gen. Lazare’a Hoche’a.