Wśród komendantów naczelnych wymieniany jest również ppor. rez. Aleksander Arendt ps. „Komar” i „Dębina”, który miał objąć to stanowisko po Wojewskim. Miał on pełnić swoją funkcję do aresztowania 12 marca 1944 roku, być może w roli pełniącego obowiązki. W 1999 roku pojawiły się pierwsze głosy, że Arendt nie sprawował funkcji komendanta naczelnego. W następnych miesiącach Arendt był oskarżany o przynależność do NKWD, UB i SB. Oskarżenia kierowane pod adresem Arendta wzbudziły kontrowersje wśród historyków. Podejrzenia o współpracę ze służbami specjalnymi zostały później potwierdzone. Według badań przeprowadzonych przez historyka Andrzeja Gąsiorowskiego Arendt po raz pierwszy został nazwany komendantem dopiero przez Jana Kaszubskiego w raporcie dla UB z września 1945 roku. Sprawowanie stanowiska komendanta naczelnego nie jest jednak ogólnie kwestionowane.
Komenda Naczelna miała na celu przygotowanie „Gryfa Pomorskiego” do powstania skoordynowanego z desantem powietrznym Polskich Sił Zbrojnych, a także prowadzenie bieżącej walki, głównie w celu obrony ludności polskiej przed masową eksterminacją. Celem powstania miało być wyzwolenie Pomorza spod okupacji niemieckiej. Hasłem do powstania miał być apel ks. Józefa Wryczy.