Komendantowi naczelnemu podporządkowane były Wydziały: Wywiadu i kontrwywiadu – por. rez. Juliusz Koszałka ps. „Jeż”, „Jeremi” (do lata 1942 roku), Łączności – por. rez. Juliusz Koszałka (do lutego 1943 roku), Agnieszka Bigus, Sanitarny – st. sierż. Antoni Czapiewski (do lata 1942 roku), lek. med. Alfons Wojewski (do maja 1943 roku).
„Gryf Pomorski” deklarował podporządkowanie się Rządowi Rzeczypospolitej Polskiej na uchodźstwie. Deklarował się jako organizacja wojskowa, katolicka i ponadpartyjna. Deklaracja ideowa została przyjęta w lipcu 1941 lub 6 maja 1942 roku. Wątpliwości co do datacji wynikają z istnienia dwóch odrębnych tekstów z różnymi datami. Według deklaracji organizacja działała na terenie całego Pomorza i Prus Wschodnich.
Wielu członków „Gryfa Pomorskiego” było zameldowanych na Pomorzu i obok działalności konspiracyjnej oficjalnie pracowało, głównie w rolnictwie i leśnictwie. W strukturach „Gryfa Pomorskiego” znaleźli się również księża.