W 54 p.n.e. Watyniusz został oskarżony przez Gajusza Licyniusza Kalwusa. Obrony podjął się Cyceron, który dwa lata temu tak ostro atakował Watyniusza, zaskakując tym swoich przyjaciół. W liście do Publiusz Korneliusza Lentulusa SpinteraM. TVLLI CICERONIS EPISTVLARVM AD FAMILIARES LIBER PRIMVS , IX ;( ) tłumaczy, że uczynił to pragnąc zachować protekcję Cezara i Pompejusz przeciw napaściom Klodiusza. Uniewinnienie zawdzięczał Watyniusz raczej opiece triumwirów a nie wymowie Cycerona.
W 51 p.n.e. Publiusz Watyniusz służył jako legat Cezara w Galii. Po kampanii w Akwitanii Cezar udał się do Narbony, a wojsko odprowadził przez legatów na leża zimowe: cztery legiony pod wodzą legatów: Marka Antoniusza, Gajusza Treboniusza i Publiusza Watyniusza kazał rozmieścić w BelgiiC. IVLI CAESARIS COMMENTARIORVM DE BELLO GALLICO LIBER OCTAVVS ab A. Hirtio scriptus,42;( ).
W 48 p.n.e. Watyniusz towarzyszył Cezarowi w wojnie domowej. W czasie kampanii w Grecji, gdy obozy Pompejusza i Cezara rozdzielała tylko rzeka Apsus Cezar posłał Watyniusza nad sam brzeg rzeki, aby agitował za pokojem. Ten przedstawił propozycje pokojowe, ostatecznie odrzucone przez przedstawiciela pompejańczyków LabienusaC.