W lutym 1920 aresztowany w Nowonikołajewsku, został zwolniony w listopadzie tego samego roku po podpisaniu deklaracji lojalności wobec władz radzieckich. Aresztowany ponownie w lutym 1921, został wtrącony do więzienia na Butyrkach, przez co nie mógł objąć katedry tomskiej, na którą skierował go patriarcha Tichon. W sierpniu 1922 duchowny został zwolniony; władze radzieckie miały nadzieję, iż hierarcha poprze ruch Żywej Cerkwi. Na łamach gazety Prawda nazwał swoje uwolnienie aktem wielkoduszności władz. Tydzień po uwolnieniu zachorował na rozstrój psychiczny i leczył się w prywatnej klinice.
W 1923, gdy wbrew oczekiwaniom władz nie poparł Żywej Cerkwi, lecz stanął do niej w wyraźnej opozycji, został ponownie uwięziony i skazany na trzyletnią zsyłkę do Azji Środkowej. Na zesłaniu, za zgodą patriarchy, dokonywał tajnych postrzyżyn mniszych (m.in. Walentina Wojno-Jasienieckiego, późniejszego biskupa Łukasza). W 1924 zwrócił się do patriarchy Tichona z apelem o bardziej zdecydowaną walkę z odnowicielstwem oraz reformy organizacji parafii i eparchii, nadanie im szerszego zakresu samodzielności.