Po konspiracyjnej maturze w 1940 podjął studia na tajnym Uniwersytecie Warszawskim, gdzie studiował slawistykę i filologię polską. Studiował z Tadeuszem Borowskim i jego narzeczoną Marią Rundo, Wacławem Bojarskim oraz ze Stanisławem Marczak-Oborskim. Jego wykładowcami byli m.in. Julian Krzyżanowski, Witold Doroszewski, Tadeusz Kotarbiński, Zofia Szmydtowa, Bogdan Suchodolski i Wacław Borowy. Andrzej Trzebiński łączył studia z dorywczymi pracami fizycznymi, m.in. tracza na kolei, rikszarza, robotnika budowlanego. Od 1942 roku był związany z Konfederacją Narodu (KN). Trzebiński był jedną z osób tworzącą oprawę ideową KN, pisząc m.in. pieśń wojskową Wymarsz Uderzenia, hymn Uderzeniowych Batalionów Kadrowych. W lipcu 1943 utworzył konspiracyjną organizację Ruch Kulturowy.
Brał udział w wydawaniu pisma „Sztuka i Naród” – pierwszego podziemnego almanachu literackiego, powiązanego z Konfederacją Narodu. Był autorem wielu artykułów programowych próbujących zdefiniować zadania literatury i miejsce pokolenia wchodzącego do niej w sytuacji okupacji. Na przełomie maja i czerwca 1943 przejął po Wacławie Bojarskim stanowisko redaktora naczelnego „SiN”-u. Prowadził to pismo do momentu aresztowania przez Niemców.