W lutym 1972 do biura Konsystorza KEA została przesłana prośba mikołajskiej parafii katolickiej o zgodę na zamianę kościołów z parafią ewangelicką. Konsystorz bez konsultacji z miejscowym proboszczem ewangelickim wstępnie przystał na ten wniosek, ostateczne jego przyjęcie miało jednak nastąpić po pozyskaniu opinii seniora diecezji mazurskiej oraz rady parafialnej w Mikołajkach. Rada nie wyraziła jednak na to zgody. W kolejnych latach następowały dalsze próby zajęcia kościoła przez katolików.
Ksiądz Pilch wystosował w 1973 do Urzędu do Spraw Wyznań prośbę o przywrócenie parafii prawa do własności dwóch budynków uprzednio do niej należących, w celu powołania w nich Muzeum Reformacji. Zgody nie otrzymano, w związku z czym w 1980 prośba została przez proboszcza ponowiona, dotyczyła jednak już tylko budynku przy ul. 1 Maja 23.