Wielu parafian padło ofiarą powojennych samosądów, jako że ewangelicy byli kojarzeni z Niemcami. W 1946 stanowisko administratora parafii objął ks. Karol Messerschmidt. Rozpoczął on odbudowę jej działalności. Prowadzono wówczas dwa nabożeństwa w miesiącu (w jedną niedzielę miesiąca było to nabożeństwo przedpołudniowe, w drugą – popołudniowe). Ksiądz Messerschmidt obsługiwał również dwie inne parafie i pełnił funkcję kapelana Wojska Polskiego.
Do 1948 liczba członków parafii wzrosła dwukrotnie. Prowadzono kursy dla analfabetów, odbywały się lekcje religii oraz przygotowania do konfirmacji. Organizowano pomoc dla osób chorych i starszych, rozszerzoną później na mieszkańców Mazur. Naprawiono wieżę kościelną uszkodzoną przez pociski oraz odnowiono organy. Brakowało jednak funduszy na remont generalny, jak również naprawę kościoła w Wiskitkach. Wobec bardzo złego stanu technicznego świątyni wiskickiej, 1 sierpnia 1948 Zgromadzenie Parafialne zatwierdziło decyzję proboszcza o jej rozbiórce. Wykonanie tego zostało jednak odroczone, co nastąpiło w wyniku zainteresowania wynajęciem budowli na skład surowców oraz możliwością przeznaczenia porozbiórkowej cegły na powstanie szkoły.