W roku 1940 na sesji Rady Najwyższej ZSRR, kiedy przyłączono Litwę do Związku Radzieckiego, przeczytała fragment Poematu o Stalinie (lit. Poema apie Staliną) napisany na polecenie Władimira Diekanozowa.
W tym okresie Nėris pisała więcej wierszy na tematy partyjne. W końcu 1940 r. wydrukowała w czasopiśmie poemat Czterej (lit. Keturi), poświęcony litewskim komunistom rozstrzelanym po zamachu stanu Antanasa Smetony. W tym czasie zaczął ukazywać się miesięcznik sztuki i krytyki „Pisma” (lit. Raštai), do którego redakcji należała również Nėris. Podobnie weszła w skład komitetu, organizującego dekadę litewskiej literatury i sztuki w Moskwie. Na początku 1941 r. wydała tom poezji Rinktinė, którą zaczęła przygotowywać w 1939 r. Salomeja Nėris aktywnie uczestniczyła w wiecach w Jeziorosach, Dusiatach i w Ucianie. 12 stycznia 1941 r. została wybrana deputowaną do Rady Najwyższej ZSRR.
Latem 1941 r. uciekła przed Niemcami ze swoim synkiem przez Jeziorosy, Dyneburg, Wielkie Łuki, Rżew do Rosji. Na terytorium Łotwy pociąg, którym podróżowała Nėris, został zbombardowany. Zniszczeniu uległ jej bagaż oraz rękopisy, które ze sobą zabrała.
Pod koniec czerwca 1941 r. Salomeja Nėris z synem dotarli do Moskwy. Mieszkając tam, aktywnie współpracowała z komitetem radia, przygotowywała materiał do audycji w języku litewskim.