9 listopada 1622 zostało wygłoszone ostatnie ewangelickie kazanie na terenie Kłodzka. W 1623 Ferdynand II Habsburg oddał hrabstwo kłodzkie swojemu bratu Karolowi, pełniącemu stanowisko biskupa wrocławskiego. W efekcie pokoju westfalskiego kościół rzymskokatolicki uzyskał prawo do pozyskania kościołów należących do niego przed wojną trzydziestoletnią. W związku z tą decyzją w 1654 dokonano „redukcji kościołów”, w trakcie której ewangelikom odebrano także obiekty przez nich wybudowane. Po kilkunastu latach na terenie hrabstwa znajdowały się jedynie nieliczne społeczności ewangelickie. Doszło także do emigracji dotychczasowych mieszkańców na inne obszary, co było przyczyną kryzysu gospodarczego na ziemi kłodzkiej, jak również upadku licznych miejscowości. Załamanie ekonomiczne utrzymywało się do początków XVIII wieku. W celu zatrzymania recesji sprowadzano nowych osadników pochodzących z terenu katolickiej Austrii. Dzięki temu doszło m.in. do przyniesienia kultu Marii z kościoła w Mariazell do Góry Iglicznej i powstania tam sanktuarium „Maria Śnieżna”. Do pozostawionych majątków przez cesarza sprowadzani byli jego zaufani ludzie, wierni kościołowi katolickiemu, jak choćby Daniel Paschasius von Osterberg, który doprowadził do rozwoju Sanktuarium w Wambierzycach, gdzie w czasach Reformacji mieścił się kościół ewangelicki.