Od marca-kwietnia 1918 roku były one zastępowane przez samoloty wersji CL.III (maksymalnie 67 na froncie w czerwcu), a następnie CL.IIIa, których liczba w sierpniu 1918 sięgnęła 233. Jako samoloty rozpoznawcze nie odegrały większej roli, mimo możliwości wyposażenia w aparaty fotograficzne i radiostację. Natomiast w charakterze samolotów myśliwskich w eskadrach osłaniających samoloty rozpoznawcze, wspierających wojska lądowe (Schutzstaffel, w skrócie Schusta – eskadra ochronna), spisywały się znakomicie. Oprócz wysokiej manewrowości i dobrego wnoszenia na małej wysokości, zaletą był nisko umieszczony górny płat, przez co strzelec w swojej kabinie miał szerokie pole ostrzału. Dlatego też w marcu 1918 roku wszystkie niemieckie eskadry osłaniające w liczbie 38, wyposażono w te samoloty, jednocześnie przemianowano je na eskadry szturmowe (Schlachtstaffel, w skrócie Schlasta).
Samoloty Hannover CL.II, CL.III i CL.IIIa używane były do końca I wojny światowej na wszystkich frontach w lotnictwie niemieckim i austro-węgierskim.