W XV w. stał się siedzibą trzech sądów szlacheckich pierwszej instancji: grodzkiego, ziemskiego (chełmskiego) i ziemskiego (horodelskiego)M. Pawlikowski, Sądownictwo grodzkie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012, tenże, Sądownictwo ziemskie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012..
W wiekach XVI – XVIII wydobywano tam kredę. W latach 1220–1596, 1905–1915, 1940–1944 siedziba biskupstwa prawosławnego, 1596–1875 siedziba biskupstwa unickiego, 1349–1807 biskupstwa rzymskokatolickiego. W mieście znajdowała się również jedna z większych gmin żydowskich.
W 1648 spalony przez Kozaków Bohdana Chmielnickiego. 8 czerwca 1794 poniósł tam klęskę korpus gen. Józefa Zajączka (podczas insurekcji kościuszkowskiej). Od 1795 miasto znajdowało się w zaborze austriackim, od 1809 w Księstwie Warszawskim, a od 1815 w Królestwie Polskim pod zaborem rosyjskim. W latach 1867–1912 oraz od 1915 roku Chełm był stolicą powiatu. W latach 1912–1915 został stolicą samodzielnej guberni wyłączonej z granic Królestwa Polskiego. W 1877 doprowadzono do miasta kolej. Przekazano ją do użytku 17 sierpnia 1877 roku, a Chełm w ten sposób stał się jednym z miast, przez które przebiegała Kolej NadwiślańskaZygmunt Gardziński, Budowa i pierwsze lata funkcjonowania Nadwiślańskiej Kolei Żelaznej w Chełmie (1874-1914), [w:] Chełm nieznany 2.