Do trwania przy prawosławiu wzywał mieszkańców Cypru patriarcha Konstantynopola Herman II. Kontaktował się on również z papieżem Grzegorzem IX, skarżąc się na prowadzoną przez nuncjuszy papieskich politykę prozelityzmu na Cyprze. Działania te nie przyniosły żadnych rezultatów. Chwilowa poprawa sytuacji prawosławnych nastąpiła po złożeniu przez arcybiskupa Hermana I wizyty u papieża Aleksandra IV. Jednak po śmierci Hermana (ok. 1260) dynastia panująca nie wyraziła zgody na wybór jego następcy, podporządkowując całość prawosławnych organizacji episkopatowi katolickiemu. Zmiana tej polityki nastąpiła w I połowie XIV w., po kilku przypadkach zamieszek na tle wyznaniowym (np. w 1313 prawosławni zaatakowali katolicką katedrę w Nikozji).
Kościół prawosławny na Cyprze częściowo odzyskał dawną pozycję po ślubie króla Cypru Jana II z Heleną Paleolog, wnuczką cesarza Bizancjum Manuela II. Protektorką prawosławia była również córka Heleny, królowa Cypru w latach 1458–1464, Charlotta. Następcy Charlotty wrócili do wcześniejszej polityki wobec prawosławia.
W 1489 Cypr przeszedł pod zwierzchnictwo Wenecji. Nowi władcy wyspy ponownie podporządkowali Cypryjski Kościół Prawosławny hierarchii katolickiej.