Pod panowaniem tureckim W 1571 Cypr przeszedł pod panowanie tureckie. Na mocy systemu milletów prawosławny arcybiskup Cypru stał się etnarchą Greków cypryjskich, odpowiedzialnym za zachowanie przez nich lojalności wobec państwa. Część hierarchów cypryjskich utrzymywała kontakty z władcami katolickich krajów zachodnich, starając się o podjęcie przez nie antytureckiej interwencji: bezskutecznie o działanie takie zabiegał arcybiskup Tymoteusz w 1597 w liście do Filipa II, zaś jego kolejni następcy Beniamin, Chrystodulos i Nikifor – w kontaktach z władcami Sabaudii. W XVIII i na początku XIX w. kolejni arcybiskupi wielokrotnie usiłowali uzyskać od władz tureckich większą tolerancję wobec prawosławnych mieszkańców Cypru.
W 1821, po wybuchu wojny o niepodległość Grecji, władze tureckie dokonały pacyfikacji Cypru, obawiając się, że cypryjscy Grecy dołączą do powstania. Straconych zostało czterech hierarchów prawosławnych: metropolici Pafos, Cyrynei i Kition Chryzant, Melecjusz i Laurenty oraz arcybiskup Cyprian.
W 1830 arcybiskup Cypru Panaret uzyskał zwolnienie z płacenia sułtanowi obowiązkowej daniny.