Jego następca, Makary II, również czynnie opowiadał się za niepodległością Cypru.

Po śmierci Makarego II urząd arcybiskupa Nowej Justyniany i całego Cypru objął Makary III (gr. Makarios). Łączył on działalność religijną i narodową, przyczyniając się do podniesienia poziomu duchowego kleru Kościoła, jak również współorganizując kolejne powstanie Greków cypryjskich w 1955. Zesłany za to na Seszele, w 1957 mógł udać się do Aten, skąd kontynuował działania na rzecz proklamowania niepodległości Cypru. Jego zaangażowanie w tym kierunku sprawiło, że po ogłoszeniu samodzielności wyspy, został wybrany pierwszym prezydentem kraju.

W okresie niepodległości Cypru mały|200px|Pałac arcybiskupów Cypru w Nikozji i pomnik arcybiskupa Makarego (Makariosa) III 2 marca 1972 metropolici Pafos, Kition i Cyrynei – Gennadiusz, Antym i Cyprian zażądali od arcybiskupa Makarego ustąpienia z urzędu w związku z pełnieniem świeckiej funkcji prezydenta państwa. Działali oni w porozumieniu z rządzącą w Grecji juntą. Hierarcha odmówił spełnienia żądania;