Rok 1996 był ostatnim w karierze Ruggi. Dosiadając ponownie maszyny Hondy, Francuz najwyżej dojechał na piątej pozycji, którą zajął trzykrotnie. Zdobyte punkty sklasyfikowały go na 9. miejscu.
500 cm³ W 1990 roku Jean-Philippe awansował do najwyższej kategorii 500 cm³. Reprezentując ekipę Sonauto-Yamaha, dziewięciokrotnie znalazł się w czołowej ósemce. Podczas GP Belgii stanął jedyny raz w karierze na podium, zajmując drugie miejsce. W ostatecznej klasyfikacji uplasował się na wysokiej 8. lokacie.
Sezon 1991 okazał się dla Ruggi ostatnim rokiem startów w pięćsetkach. Francuz wystartował w dwunastu wyścigach, spośród których ośmiokrotnie dojechał do mety, za każdym razem plasując się w czołowej dziesiątce. Najlepszą pozycję uzyskał podczas GP USA, w którym zajął czwarte miejsce. Zdobyte punkty usytuowały go na 10. pozycji.
Ostatnią rundą w karierze Francuza było GP Holandii rozegrane w roku 1998. Jean-Philippe dosiadał wówczas motocykl ekipy MuZ-Weber, jednak nie udało mu się dojechać do mety. Po tym sezonie Ruggia zakończył karierę sportową.