W lipcu 1940 roku – po aresztowaniu Kazimierza Pierackiego – został kierownikiem Komisji Oświecenia Publicznego, powstałej z inicjatywy Związku Walki Zbrojnej, rozwijającej tajne nauczanie do 1941 roku, później podporządkowanej Departamentowi Oświaty i Kultury Delegatury Rządu na Kraj. W marcu 1944 roku Kupczyński objął kierownictwo Komisji Oświaty i Kultury na m. Warszawę Delegatury Rządu.
Harcerstwo W 1936 został wybrany przewodniczącym Zarządu Okręgu Śląskiego ZHPSprawozdanie Zarządu Okręgu Śląskiego ZHP za rok 1936, s. 3, którą to funkcję pełnił do czasu służbowego przeniesienia w 1937 rokuSprawozdanie Zarządu Okręgu Śląskiego ZHP za rok 1937, s. 3–4. Po śmierci ks. Jana Mauersbergera objął stanowisko p.o. Przewodniczącego ZHP i pełnił tę funkcję do rozwiązania ZHP 17 stycznia 1945 roku. W tym czasie wywarł istotny wpływ na wiele decyzji kształtujących działalność Szarych Szeregów, w szczególności w zakresie ich współpracy z Komendą Główną Armii Krajowej i Naczelnym Komitetem Harcerskim w Londynie. Skonsolidował działania męskich i żeńskich oddziałów Szarych Szeregów.
W czasie powstania warszawskiego pełnił swoją funkcję w Warszawie.