Po wojnie W 1945 roku przeniósł się do Łodzi, gdzie kontynuował pracę w „Społem”. Objął tam stanowisko kierownika wydziału lustracyjnego. Wykładał jednocześnie w tamtejszej Wyższej Szkole Pedagogicznej, będąc zastępcą przewodniczącego jej komisji organizacyjnej.
W 1947 roku Kupczyński objął stanowisko kustosza w Archiwum Gdańskim, zajmując się rewindykacją z Niemiec archiwaliów gdańskich i elbląskich. W 1948 roku został przewodniczącym Oddziału Gdańskiego Polskiego Towarzystwa Historycznego, a jesienią 1950 roku został dyrektorem Archiwum Państwowego w Szczecinie.
W 1951 roku przeszedł na emeryturę. Powrócił do Gdyni i prowadził bibliotekę Polskich Linii Oceanicznych. W latach 1958–1962 był przewodniczącym I Wydziału Nauk Społecznych i Humanistycznych Gdańskiego Towarzystwa Naukowego, a od 1962 roku pełnił tam funkcję wiceprezesa zarządu.
Pochowany na cmentarzu Witomińskim w Gdyni (kwatera 67-13-18_2)Wyszukiwarka cmentarna - Cmentarze Komunalne w Gdyni. mały|Grób Tadeusza Kupczyńskiego na cmentarzu Witomińskim Życie prywatne Kupczyński ożenił się 22 sierpnia 1918 roku z Wandą Pętkowską. Miał córkę, Marię Łepkowską. Przed wojną działał w Polskim Związku Narciarskim.