Zachowano jednak dawne lizeny oraz fryz arkadowy, które przecinało od wschodu nowe szerokie i wysokie okno, w miejsce wcześniejszego rozwiązania (prawdopodobnie trzy mniejsze okna). Do nawy przy pierwszym przęśle wzniesiono nowe skrzydło klasztoru, za nim kolejny budynek wolnostojący. W późniejszym czasie wszystkie zabudowania klasztorne połączyło południowe skrzydło, równoległe do całego kościoła.
Kościół znacznie ucierpiał w roku 1431, podczas najazdu Krzyżaków. Wówczas zniszczone zostały sklepienia w prezbiterium, których z powodu naruszenia konstrukcji nigdy nie odbudowano. Do roku 1627 prezbiterium wraz z pierwszym przęsłem nawy oddzielone od reszty kościoła przez lektorium, drewnianą kurtynę, w której mieli prawo przebywać tylko mnisi, w nawie zaś wierni. Później na skutek postanowień soboru trydenckiego zakazujących lektoriów, zastąpiono je drewnianymi konstrukcjami, przy których znajdowały się małe ołtarzyki. W tym samym czasie wzniesiono renesansową kaplicę rodziny Włodków. Kościół uszkodzony przez potop szwedzki. Przed 1686 r. nastąpiła przebudowa dachu i szczytów nad nawą w stylu barokowym, od frontu wzniesiono emporę organową, a w niedalekiej odległości dzwonnicę z muru pruskiego. W początku XVIII w. w stylu barokowym przebudowano też dach i szczyt prezbiterium.