W 1868 roku przeprowadzono remont prezbiterium i wymieniono ołtarz na nowy w stylu gotyckim, wykonany przez Wojciecha Koperskiego, projekt wykonał i nad pracami czuwał architekt Walerian Kulikowski.
Kościół spłonął w 1879 roku podczas największego w historii Irkucka pożaru miasta.
Odbudowa świątyni 200px|thumb|left|Kościół w początku XX wieku Postanowiono na miejscu spalonego kościoła wybudować nowy, murowany. Projekt wykonał irkucki architekt Jan Tamulewicz. Prace rozpoczęto w lipcu 1881 roku (błogosławieństwo abp. mogilewskiego A. Fiałkowskiego na położenie fundamentów). Techniczny nadzór nad budową kościoła z cegły w stylu neogotyckim sprawował inżynier architekt baron Henrich Rozen. Pod koniec 1884 roku budynek był gotowy i w grudniu w święto Niepokalanego Poczęcia NMP w kościele została odprawiona pierwsza msza. Kościół został konsekrowany 8 stycznia 1885 roku.
Całkowity kosz budowy wyniósł 63 163 ruble i 16 kopiejek, z czego większość pochodziła od darczyńców. Najwięcej na budowę ofiarował adwokat Michał Kossowski (25 tys. rubli). Dużą rolę odegrał ówczesny proboszcz ks. Krzysztof Szwernicki (1812-1894), który prowadził budowę i organizował zbiórki pieniężne na nią.