W 1607 roku metropolita kijowski Józef Welamin Rutski i arcybiskup połocki Jozafat Kuncewicz, późniejszy święty, dokonali centralizacji zgromadzeń bazyliańskich.

W 1615 roku Józef Welamin Rutski otrzymał papieskie pozwolenie na studia mnichów bazyliańskich w seminariach rzymskokatolickich w Wilnie, Braniewie, Pradze, Ołomuńcu, Wiedniu oraz w Kolegium Greckim w Rzymie. W celu wzmocnienia zakonu papież Paweł V zezwolił na przyjmowanie do orderu wyznawców Kościoła rzymskokatolickiego wraz ze zmianą obrządku na wschodni. W 1616 roku otwarto pierwszy nowicjat w monasterze Zaśnięcia Matki Bożej w Byteniu.

W 1617 roku pierwsza kapituła generalna, która zebrała się w Nowogródku, zatwierdziła statut zakonu bazylianów, opracowany przez metropolitę Rutskiego i arcybiskupa Kuncewicza. Za wzór wzięto regułę św. Bazylego Wielkiego. Sposób organizacji zakonu zapożyczono od zakonów rzymskokatolickich, a przede wszystkim od jezuitów. W taki sposób została utworzona Wileńska Kongregacja Trójcy Świętej, która jednoczyła pięć klasztorów. W 1624 roku bractwo zostało zatwierdzone przez Kongregację Rozkrzewiania Wiary, a w 1631 roku przez Urbana VIII w bulli Exponi nobis.